Freitag, 7. August 2015

Daten beschreiben und darstellen mit R und Co

Für die Arbeit mit DNA Sequenz Daten haben wir bereits Programme wie MEGA oder Jalview kennengelernt. Im folgenden sollen nun Programme vorgestellt werden, die etwas weniger speziell sind und mit anderen Daten, wie z.B. den Ausgaben von LAMINA, Smartgrain und ähnlichen Programmen umgehen können.

Tabellenkalkulation

Mit MS Excel oder dem kostenlosen OpenOffice Calc können wir ohne großen Aufwand verschiedene Diagramm Typen erstellen.
Für den etwas anspruchsvolleren Daten Jongleur lohnt es sich aber nach anderen Möglichkeiten Ausschau zu halten.

R - kostenloser Alleskönner für ... Nerds ?

R ist eine Programmiersprache für das statistische Arbeiten. Daten lassen sich in diversen Formaten einlesen, umwandeln, beschreiben, testen und darstellen. Seit 2011 gibt es für R neue Kleider, R Studio ist eine grafische Nutzeroberfläche für R.
Wer mit R (Studio) arbeiten will installiert sich R und anschließend R Studio.

How-to und Tutorials

Origin Professional

Als Student und Mitarbeiter des KIT hat man die Möglichkeit die Datenanalyse- und Grafiksoftware Origin Professional kostenlos zu nutzen. Die Professional Version beinhaltet dabei ebenfalls Multivariate Methoden wie z.B. die Principal Component Analyse.

Nach dem kostenlosen Kauf, stehen einem 3 Downloads zur Verfügung (2 mal MSI Dateien und eine EXE Datei). Mein Versuch das Programm über eine der MSI Dateien zu installieren, schlug fehl, bzw. führte dazu, dass ich beim Start des Programmes darauf hingewiesen wurde, dass die Lizenzdatei fehlt. Die Installation über die EXE Datei dagegen führte zum Erfolg. Man benötigt zur Installation den Lizensschlüssel, die Adresse und den Port des Lizensservers. Alle drei Angaben erhält man dem kostenlosen Kauf per Email zugeschickt.

Der Umgang mit Daten ist in Origin ähnlich wie in Excel und Calc. Man arbeitet mit Tabellen und der Maus anstatt mit Funktionsaufrufen über die Tatstatur. Diagramme können direkt formatiert werden. Origin bietet auch die Möglichkeit ala R mit Scripten bestimmte Arbeiten zu automatisieren.

How-to und Tutorials
To be extended...

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