Tools der Morphometrie - Morpheus et al.

Morpheus et al.

 "Morpheus et al. is a cross-platform, general purpose software package for morphometric analysis."

• Slice, Dennis E., 2013. Morpheus et al., Java Edition. Department of Scientific Computing, The Florida State University, Tallahassee, Florida, U.S.A. Available from http:/morphlab.sc.fsu.edu/
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Tools der Morphometrie - MorphoJ

MorphoJ

Eine umfangreiche auf Java basierte Sammlung von Werkzeugen für die Auswertung von Morphometrischen Daten.

Features

• Variation
• Principal Component Analysis (PCA)
  "PCA is a useful tool to display variation within a sample and to characterize the main features of shape variation. If the data contain different subgroups, PCA can be used as an ordination method, but users should be aware that PCA is not optimized to find differences among groups (for that purpose, consider canonical variate analysis)."
  
• Matrix Correlation
• Contrast Covariance Matrices
• Procrustes ANOVA
• Covariation
• Partial Least Squares [2]
• Regression
• Hypotheses of Modularity
• Comparison
• Canonical Variate Analysis
• Discriminant function analysis
• Phylogenetic comparisons
• Vector comparisons between analyses

Referenz und Programm Download

• Klingenberg, C.P., 2011. MorphoJ: An integrated software package for geometric morphometrics. Molecular Ecology Resources, 11(2), pp.353–357.
  Available at: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1755-0998.2010.02924.x/full.     
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Tools der Morphometrie - Lamina

Lamina

Bylesjö, M. et al., 2008. LAMINA: a tool for rapid quantification of leaf size and shape parameters. BMC Plant Biology, 8(1), p.82.
Available at: http://www.biomedcentral.com/1471-2229/8/82 .

• Programm basiert auf JAVA und benötigt das Java Advanced Imaging (JAI) package. Dieses ist laut Angaben der Programmierer im Download enthalten und muss nicht separat installiert werden.
• Download der Software  (Java) über SourceForge.

Lamina hat manchmal die Eigenart, nicht mehr weiter zu arbeiten.

Winows 7

Eine Möglichkeit, die bei mir zu einer deutlichen Verbesserung geführt hat, ist folgendes:
Die installierten Verknüpfungen (z.B. C:\ProgramData\Oracle\Java\javapath\javaw.exe -Xms100m -Xmx400m -Xss48m -jar "C:\Program Files (x86)\Lamina\Lamina.jar"), die man zum Ausführen von Lamina aufruft, sind so eingestellt, dass dem Programm 100 - 400 MB Speicher zur Verfügung stehen.

Über den entsprechenden Startmenü-Eintrag gelangt man zu den Eigenschaften der Verknüpfung und kann die Lamina zur Verfügung stehende Speicher Menge erhöhen.

Windows 7, Start Menü, Eigenschaften der Lamina Verknüpfung aufrufen

Eigenschaften der Lamina Verknüpfung ändern...
ACHTUNG: Das Feld enthält mehr Informationen als man auf den ersten Blick sieht. Feld anklicken und mit linker Pfeiltaste den Cursor bewegen.

-Xmx400m verändern zu -Xmx1G
Übernehmen bzw. OK anklicken und ab sofort sollte Lamina besser arbeiten.

Windows 8

Bei Windows 8 gelangt man über die Suche des Start Screens zu den Lamina Verknüpfungen. Über die rechten Maustaste lässt dich der Speicherort öffnen. Dort angekommen kann man wie bei Windows 7 über Eigenschaften die Verknüpfung verändern.

Windows 8, Start Screen Suche nach Lamina

Windows 8, Lamina Speicherort geöffnet, Eigenschaften der Lamina Verknüpfung aufrufen

Unter Windows 8 trat nach der Modifikation allerdings ein weiteres Problem auf. Dieses kann man durch Reduzierung der "Thread Stack Size" (-Xssn) von 48m auf 24m beheben. Dazu die Option -Xss48m auf -Xss24m verändern und bestätigen.

Morphologie - Morphometrie

Die Evolution hat viele verschiedene morphologische Phänomene hervorgebracht, die wir sehen, messen und vergleichen können. Im folgenden werden Programme vorgestellt, mit denen man entsprechende Daten erzeugen und auswerten kann.

Übersicht

Programm	Funktion	Daten
Shape	Erfassung und Auswertung	Konturen
LeafAnalyser	Erfassung und Auswertung	Konturen
Lamina	Erfassung	Dimensionen, Konturen
MorphoJ	Auswertung	Konturen
Morphomatica	?	Konturen
Morpheus et al	?	Konturen
CLIC	Erfassung und Auswertung	Konturen

Shape

Iwata, H. & Ukai, Y., 2002. SHAPE: A Computer Program Package for Quantitative Evaluation of Biological Shapes Based on Elliptic Fourier Descriptors. Journal of Heredity, 93(5), pp.384–385.
Available at: http://jhered.oxfordjournals.org/content/93/5/384.short .

• Es handelt sich hierbei um ein Programm zur Analyse von geschlossenen Konturen.

• Die im Paper angegebene URL , welche zum Programm Download führen sollte, funktioniert nicht. Über eine Google Suche nach "SHAPE Iwata" gelangt man aber zur derzeitigen Web Seite  auf der man das Programm runter laden kann.
  

LeafAnalyser

Weight, C., Parnham, D. & Waites, R., 2008. TECHNICAL ADVANCE: LeafAnalyser: a computational method for rapid and large-scale analyses of leaf shape variation. The Plant Journal, 53(3), pp.578–586.
Available at: http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-313X.2007.03330.x .

• Die im Paper angegebene URL , welche zum Programm Download führen sollte, funktioniert nicht. Es hat den Anschein, als wäre die Seite gehackt worden. Man findet das Programm aber bei SourceForge.

Morphomatica

"Morphomatica ist ein benutzerfreundliches Computerprogramm, dass zur morphometrischen Analyse der Konturen von Ostrakodenschalen entworfen wurde. Es wurde im Zeitraum von 2001 – 2007 von J. Linhart, W. Brauneis und W. Neubauer (Universität Salzburg) unter Verwendung der biologischen Grundlagen von Dan. L. Danielopol (Österreichische Akademie der Wissenschaften) entwickelt. Die Version Morphomatica 1.6.1 eignet sich besonders für vergleichende Studien von merkmalsarmen Ostrakodenschalen."

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Collection of Landmark for Identification and Characterization (CLIC)

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